Le CSBQ, basé à l’Université de McGill, est dirigé par Andrew Gonzalez, avec le soutien du comité exécutif. Le comité exécutif prend des décisions sur les opérations du CSBQ. Les directeurs scientifiques orientent le programme de recherche du CSBQ et encouragent la recherche et la formation dans chaque axe, tandis que le comité consultatif externe conseille le CSBQ et le comité d’engagement facilite la participation des intervenants non universitaires.

Le rôle du comité exécutif, organe décisionnel, est de soutenir le directeur, par exemple en adoptant le programme élaboré par le conseil scientifique; valider le budget annuel; donner suite aux résolutions adoptées à l’assemblée générale; participer au processus de recrutement du personnel et approuver les décisions des comités scientifiques de révision du financement. Il est actuellement (2018) composé des représentants suivants:

• Un directeur du CSBQ
•  Un directeur des opérations

• Représentants de chaque géopole QCBS. Actuellement (2018), ce sont:

  • Etienne Laliberté (UdeM)
  • Clint Kelly (UQAM)
  • Piero Calosi (UQAR)
  • Monique Poulin (Laval)
  • Dany Garant (Sherbrooke)
  • Jochen Jaeger (Concordia)
  • À venir (McGill).
• L’axe de recherche Directeurs scientifiques (voir ci-dessous)
• Deux représentants étudiants et postdoctoral

La programmation scientifique est structurée autour de quatre axes de recherche. Un directeur scientifique qui siège au comité exécutif coordonne chacun de ces axes. Actuellement (2018), les directeurs scientifiques sont:

• Axe 1: Jade Savage (U. Bishop’s) et Kyle Elliott (McGill U.)
• Axe 2: Mathieu Cusson (UQAC) et Alison Munson (U. Laval)
• Axe 3: Monique Poulin (U. Laval) et Jérôme Dupras (UQO)
• Axe 4: Jaye Ellis (McGill U.) et Jean-François Bissonnette (UQO)

Le comité d’engagement conseille le comité exécutif pour faciliter la participation des parties prenantes non académiques au CSBQ. Actuellement (2018), il est composé de:

• Pascal Bigras & Mme Karine Lehoux (Nature-Action Québec)
• Joël Bonin (Conservation de la nature Canada | Région du Québec)
• Isabelle Lombardo (Direction du développement durable et de la veille stratégique, Ministère de l’Économie, de la Science et de l’Innovation)
• Hélène Lauzon (Conseil patronal de l’environnement du Québec)
• Vincent Moreau & Isabelle Lessard (Regroupement national des conseils régionaux de l’environnement) 
• Sabrina Courant (Ministère du développement durable, environnement et lutte contre les changements climatiques)
• Isabelle Bergeron & Danielle St-Pierre (Ministère des Forêts, de la Faune et des Parcs)

Le comité consultatif fournit des conseils et des orientations au CSBQ. Le comité consultatif comprend au moins cinq personnes possédant une vaste expérience et une réputation internationale dans le domaine des sciences de la biodiversité. Ils acceptent de fournir des conseils sur une base volontaire. Il est actuellement (2018) composé de cinq membres:

• Madhur Anand (U. of Guelph)
• Sarah Otto (UBC Vancouver)
• Marie-Josée Fortin (U. of Toronto)
• Kevin McCann (U. of Guelph)
• Douglas W. Morris (Lakehead U.)
• Jeremy Kerr (Université d’Ottawa)