Le CSBQ, basé à l’Université de McGill, est co-dirigé par Andrew Gonzalez et Étienne Laliberté, avec le soutien du comité exécutif. Le comité exécutif prend des décisions sur les opérations du CSBQ. Les directeurs scientifiques orientent le programme de recherche du CSBQ et encouragent la recherche et la formation dans chaque axe, tandis que le comité consultatif externe conseille le CSBQ.

Le rôle du comité exécutif, organe décisionnel, est de soutenir le directeur, par exemple en adoptant le programme élaboré par le conseil scientifique; valider le budget annuel; donner suite aux résolutions adoptées à l’assemblée générale; participer au processus de recrutement du personnel et approuver les décisions des comités scientifiques de révision du financement. Il est actuellement (2018) composé des représentants suivants:

• Les co-directeurs du CSBQ, Étienne Laliberté et Andrew Gonzalez
• Dominique Gravel, directeur de Biodiversité Québec
• Représentants de chaque géopole QCBS. Actuellement (2021), ce sont:
  • Pierre-Luc Chagnon (UdeM)
  • Denis Réale (UQAM)
  • France Dufresne (UQAR)
  • Monique Poulin (Laval)
  • Dany Garant (Sherbrooke)
  • Jochen Jaeger (Concordia)
  • Brian Leung (McGill).
• L’axe de recherche Directeurs scientifiques (voir ci-dessous)
• Deux représentants étudiants et postdoctoral

La programmation scientifique est structurée autour de quatre axes de recherche. Un directeur scientifique qui siège au comité exécutif coordonne chacun de ces axes. Actuellement (2021), les directeurs scientifiques sont:

• Axe 1: Anne Bruneau et Jérôme Théau
• Axe 2: Fanie Pelletier  et Guillaume Blanchet  
• Axe 3: Laura Pollock et Timothée Poisot
• Axe 4: Katja Neves and Jean François Bissonnette

De plus, Dominique Gravel siège au comité exécutif comme représentant du Réseau d’observation de la biodiversité du Québec (ROBQ).

Le comité consultatif fournit des conseils et des orientations au CSBQ. Le comité consultatif comprend au moins cinq personnes possédant une vaste expérience et une réputation internationale dans le domaine des sciences de la biodiversité. Ils acceptent de fournir des conseils sur une base volontaire. Il est actuellement (2021) composé de cinq membres:

• Madhur Anand (U. of Guelph)
• Sarah Otto (UBC Vancouver)
• Marie-Josée Fortin (U. of Toronto)
• Kevin McCann (U. of Guelph)
• Douglas W. Morris (Lakehead U.)
• Jeremy Kerr (Université d’Ottawa)