Pôles d’Expertise

- Extraction et purification d’ADN ou d’ARN à partir d’échantillons biologiques divers (plantes, champignons, bactéries, virus, etc…). - Analyses de teneur en carbone et en azote sur des échantillons solides (sols, feuilles, racines, etc…). - Analyses de teneur en carbone (organique et/ou inorganique) sur des échantillons liquides. - Espaces de travail dans les laboratoires moléculaire et biochimique donnant accès aux équipements de recherche à la fine pointe de la technologie.

Le pôle d’expertise en partage et gestion des données de biodiversité du CSBQ a été établi pour offrir aux étudiants et chercheurs du CSBQ de la formation, des protocoles standardisés et adaptés, ainsi que des services pour faciliter la publication des données. Plus précisément, les services proposés incluent : 1) Ateliers de formation pour les étudiants et chercheurs. 2) Consultations individuelles (ou en groupes spécialisés). 3) Mise à disposition de documentation et des tutoriaux sur la structuration, le nettoyage, la standardisation et la publication de données de biodiversité. 4) Développement de fichiers et formulaires de collecte de données et de métadonnées.

Le pôle offre des séances une personne consultante en science de la biodiversité pour soutenir la recherche. Ces consultations peuvent être à propos de la conception d’études sur la biodiversité, de la construction de plans d’échantillonnages, de la gestion, la manipulation et la validation des données, ou de la réalisation d’analyses statistiques. Le pôle offre également un soutien pour les membres à travers un groupe de discussion et d’échange sur les défis de la recherche sur la biodiversité. Les rencontres se font mensuellement au département des Sciences biologiques de l’UQAM et en ligne.

Le pôle d'expertise d'eNA fonctionne comme une installation multi-utilisateurs entièrement équipée, offrant des salles dédiées à la pré- et post-PCR, des plateformes d'extraction automatisées, la PCR numérique, des kits d'échantillonnage de terrain, un congélateur et l'accès à un espace de séquençage propre au Centre de génomique de McGill. Une station de travail bioinformatique partagée prend en charge l'analyse des données. En plus des flux de travail en laboratoire, le Hub offre un soutien bioinformatique, incluant l'assistance au traitement des données, au contrôle de la qualité, aux pipelines de PCR numérique et au développement de flux de travail pour les jeux de données d'ADN/ARN environnemental. Ce volet est renforcé par l'expertise de Wing-Zheng Ho, dont les compétences informatiques améliorent considérablement les services du Hub.

Les activités humaines influencent de plus en plus les espèces sauvages et les milieux naturels. Dans ce contexte, définir et décrire les interactions biologiques comme un aspect central de l’étude de la biodiversité devient prioritaire. Au sein de chaque espèce, ces interactions participent à l’organisation sociale des individus et influencent de nombreuses facettes de leur vie comme leur croissance, leur reproduction et leur survie. Elles jouent aussi un rôle fondamental dans la structure et le fonctionnement des communautés, que ce soit par la prédation, la compétition, le parasitisme, le mutualisme ou la symbiose. Au centre des processus à l’origine des changements observés chez les individus, les populations et les communautés, les interactions biologiques ont mené à la structure de la biodiversité telle que nous la connaissons aujourd’hui. Les changements environnementaux rapides (CER) peuvent perturber les interactions biologiques aux trois niveaux cités précédemment, avec de sérieuses conséquences démographiques, écologiques et évolutives (ex: extinction, invasion, accroissement, évolution), affectant à leur tour la structure de la biodiversité. Ces conséquences se traduisent souvent par des changements dans la moyenne et dans la variation des traits à l’intérieur des individus (plasticité), des populations (évolution contemporaine) ou des communautés (homogénisation fonctionnelle). Ces changements se répercutent sur les interactions biologiques et sur la structure de la biodiversité. Cependant, les évaluations de biodiversité parviennent rarement à détecter la réduction de la variation intraspécifique. Il est donc primordial d’étudier la variation intraspécifique comme composante essentielle de la biodiversité ; un enjeu principal de l’axe 2 du CSBQ 2.0 et de GEOBON. AFIN D’AMÉLIORER NOS CAPACITÉS DE PRÉDIRE LES DÉFIS AUXQUELS LA BIODIVERSITÉ FERA FACE ET DE LA PRÉSERVER, NOUS DEVONS DÉVELOPPER DES OUTILS STATISTIQUES QUI NOUS PERMETTENT D’ÉTUDIER LES LIENS ENTRE CER, INTERACTIONS BIOLOGIQUES ET PROCESSUS QUI AFFECTENT LES TRAITS. Notre pôle d’expertise regroupe des chercheurs et des chercheuses qui s’intéressent aux interactions biologiques à différents niveaux et qui possèdent des expertises complémentaires allant de la génomique, à l’écologie des communautés, en passant par la génétique quantitative, l’étude de la sélection, des analyses de réseaux, les modèles biodémographiques ou les analyses phylogénétiques.

Le CSBQ 2.0 vise à établir un Réseau québécois d’observation de la biodiversité et à développer la science qui l’entoure. Compte tenu de l’immensité du Québec et de la vitesse à laquelle s’opèrent les changements de la biodiversité, il est clair que la télédétection est nécessaire et que les observations de terrain ne seront pas suffisantes. L’objectif global de ce pôle d’expertise est de partager largement l’expertise de l’équipe en télédétection à travers le CSBQ, en offrant des services d’acquisition et de traitement de données (par exemple, l’imagerie par drone) et en offrant une formation spécifique au PHQ et aux chercheurs. Les objectifs spécifiques de ce pôle d’expertise sont de : 1. offrir des services d’acquisition et de traitement de données par drone aux membres. 2. fournir des services de conseil et l’accès à des outils aux membres pour des workflows d’acquisition de données de terrain efficaces qui nécessitent l’intégration d’observations in situ et à distance données de détection (par exemple, annotations d’espèces d’images RVB haute résolution pour la formation ou la validation de modèles d’apprentissage en profondeur). 3. fournir une formation sur l’acquisition, l’accès, le traitement et/ou l’utilisation de données de télédétection pour la recherche sur la biodiversité.