BIOS2

Programme de formation en méthodes numériques appliquées à la science de la biodiversité


Photo credits - Leonard Von Bibra - Unsplash
La science de la biodiversité a évolué au cours des quinze dernières années grâce à des progrès techniques remarquables en matière de puissance de calcul et de disponibilité des données. Les programmes de surveillance de la biodiversité, ainsi que les projets de recherche et la science citoyenne génèrent des quantités massives d’informations qui peuvent être utilisées pour prédire les futurs impacts des activités humaines sur la biodiversité. D’autres domaines des sciences de la vie, comme la génomique, la médecine et les neurosciences, ont relevé le défi des données massives en développant des infrastructures de calcul, des pipelines de données et des cadres analytiques, alors que l’écologie est comparativement en retard. Il est donc nécessaire d’adopter une approche spécifique pour améliorer les connaissances informatiques de la future génération d’écologistes. Le programme de formation en méthodes numériques appliquées à la science de la biodiversité (BIOS2) a été développé pour répondre à ce besoin. BIOS2 est une communauté de jeunes chercheurs qui explorent et appliquent des méthodes informatiques et quantitatives de pointe afin de relever les défis des sciences de la biodiversité. À travers des formations techniques et transversales, des groupes de travail, des stages et des activités de collaboration et de réseautage, le programme vise à élargir les perspectives et les compétences des étudiant.e.s et stagiaires postdoctoraux, et à les préparer à une carrière à fort impact en science de la biodiversité. Pour questions : info.bio2@usherbrooke.ca Cliquez ici pour plus d'informations.

Source de financement: Programme de formation orientée vers la nouveauté, la collaboration et l’expérience en recherche (FONCER) du CRSNG.


Erin Bayne, Joël Bêty, Anne Bruneau, Andrew Gonzalez, Steven Kembel, Sarah Otto, Pedro Peres-Neto, Timothée Poisot, Andrew MacDonald, Philippe Archambault,Pierre-Étienne Jacques,Kim Gauthier Schampaert (Program Coordinator)

Ajouté par: Guillaume 2022-02-02


Le réseau ResNet

Fournir les connaissances et les informations intersectorielles nécessaires à la gestion des paysages fonctionnels.



Dans les paysages fonctionnels, l'accent a été mis sur la production bon marché, fiable et efficace des services écosystémiques individuelles telles que la nourriture, l'énergie ou le bois, ignorant la plupart des effets sur d'autres services ou d'autres endroits. Nous prenons des décisions de cette manière même si nous avons de bonnes preuves qu'il existe des interactions entre les secteurs de ressources naturelles, entre les régions et entre les services écosystémiques. Ceci mène à des décisions de grande importance concernant l'avenir prises de façon isolée et fragmentaire avec une image limitée des risques écologiques, économiques et sociaux associés à ces décisions. ResNet (2019 – 2024) est conçu pour fournir les connaissances et les informations intersectorielles nécessaires à la gestion des paysages fonctionnels afin d'assurer la fourniture de multiples services écosystémiques pour de multiples bénéficiaires, maintenant et à l'avenir. Pour y arriver, ResNet concentre ses travaux sur trois principaux thèmes pour lesquels les études sont peu nombreuses, dans six paysages fonctionnels du Canada. Dans chacun des six paysages, le réseau ResNet a lancé une série d’études sur la production, la modélisation et la gouvernance de services écosystémiques multiples, conçues en collaboration par des universitaires, le secteur privé, les administrations publiques, les ONG, les partenaires autochtones et d’autres intervenants. Le réseau ResNet est un groupe interdisciplinaire de chercheurs (100+ chercheurs, 11 universités, 17 organisations partenaires), notamment des chercheurs reconnus internationalement pour leur expertise en écologie, en économie, en gestion des ressources naturelles, en gestion socioécologique, en résilience des systèmes, en statistiques et en modélisation. Finalement, le réseau ResNet mettra au point de nouveaux outils permettant d’estimer les effets des décisions en matière de gestion et d’utilisation des terres sur les services écosystémiques multiples des paysages fonctionnels du Canada. Ces outils pourront améliorer l’intendance des paysages fonctionnels du Canada et de tous les services écosystémiques qu’ils fournissent, tout en faisant avancer les connaissances scientifiques fondamentales sur ces services écosystémiques. Cliquez ici pour plus d'informations.

Ajouté par: Guillaume 2021-10-13


La Science de la connectivité écologique dans l'est du Canada et la Nouvelle-Angleterre

Une évaluation de la science et des projets décrivant les paysages connectés de la région



Le rapport sur la science de la connectivité écologique dans la Région de la Résolution 40-3 passe en revue la science de la connectivité et l'ensemble des plans et projets axés sur l'évaluation et la protection de la connectivité écologique de la région nord-est de l’Amérique du Nord. Ces projets sont désormais répertoriés sur le portail Web de la connectivité écologique (https://connectiviteecologique.com). Les objectifs et la portée géographique de ces projets sont comparés, tout en contrastant les méthodes et mesures scientifiques utilisées pour définir les réseaux d'habitats et de corridors qu'ils identifient. Ces méthodes sont comparées aux approches actuelles de la littérature scientifique sur la connectivité et les possibilités d'intégrer les informations et les objectifs de conservation dans les plans sont identifiées. Pour faciliter l'interprétation, un bref examen des concepts clés de la recherche sur la connectivité est fourni. En comparant les méthodologies, les échelles et la couverture de ces projets, les auteurs de ce rapport identifient les lacunes actuelles des analyses, mais aussi les possibilités d'exploiter la science de la connectivité pour la conservation dans la région. Cliquez ici pour plus d'informations.

Source de financement: Ministère des Forêts, de la Faune et des Parcs


Andrew Gonzalez, Alexandre Arkilanian, Valentin Lucet, Guillaume Larocque, Deanna Schrock, Célia Denépoux

Ajouté par: Guillaume 2021-08-26


Un Plan Sud pour le Québec

Protéger notre patrimoine naturel et s'adapter aux changements globaux



Depuis des décennies, le Québec méridional subit des pressions de développement importantes et soutenues, et fait face à de forts arbitrages pour l’utilisation du territoire et des ressources qu’il contient sur un modèle économique de type extractif qui évolue peu. Pourtant, la biodiversité du Québec est principalement concentrée dans cette partie de la province, plus diversifiée que les zones plus au nord. Ces pressions affectent la biodiversité et induisent de profonds changements dans les fonctions et les services rendus par les écosystèmes dont dépendent de nombreux secteurs économiques, et plus globalement, notre bien-être. Cette situation est d’autant plus préoccupante que la biodiversité est généralement reconnue comme la base de toute stratégie d’adaptation face aux changements climatiques. Pour que la société québécoise puisse faire face aux changements environnementaux, qu’ils soient locaux ou plus globaux, il est nécessaire de développer une autre relation à notre patrimoine naturel, en particulier au sud du 49e parallèle du Québec. La demande sociale grandissante pour la protection de l’environnement témoigne de l’importance de ces enjeux pour de nombreuses parties prenantes, et il se dégage un large consensus face aux actions qu’il conviendrait de mettre en œuvre. Le Québec doit se doter d’un plan ambitieux pour initier et encadrer les changements qui s’imposent dans notre manière d’occuper et de gérer le territoire et les ressources qu’il contient. C’est à partir de ce constat que le Centre de la science de la biodiversité du Québec (CSBQ), la Chaire de recherche du Canada en économie écologique de l’Université du Québec en Outaouais, la Chaire Liber Ero en biologie de conservation de l’Université McGill, le Regroupement national des conseils régionaux de l'environnement du Québec et le Réseau de milieux naturels protégés (RMN) ont initié le projet d’un Livre blanc pour le Sud du Québec. L’objectif de cette démarche est de proposer une vision consensuelle et de faire émerger de grandes orientations sous lesquelles pourront être regroupées des mesures concrètes en faveur du maintien de la biodiversité au sud du 49e parallèle. Cliquez ici pour plus d'informations.

Jérôme Dupras, Andrew Gonzalez, Philippe Auzel,Brice Caillié,Julie Lafortune,Andréanne Paris,Caroline Petit,Martin Vaillancourt

Ajouté par: Guillaume 2021-07-22


La biodiversité des vertébrés : une lueur d'espoir

Des pertes extrêmes dans quelques populations entraînent un déclin apparent des vertébrés dans le monde


Photo credits - Anthony Zerafa
Les populations de vertébrés - des oiseaux aux poissons aux antilopes - ne sont pas, en général, en déclin, en dépit de ce qui a été pensé et dit précédemment. Une équipe de biologistes, dirigée par l'université McGill, a découvert, dans un article publié récemment dans Nature, que le portrait peignant les populations de vertébrés de toutes sortes en déclin spectaculaire est dû à des anomalies : quelques populations dont le nombre d'individus diminue à un rythme extrême. Une fois que ces valeurs aberrantes sont séparées du reste, une image très différente et bien plus prometteuse de la biodiversité mondiale émerge. Tout se résume aux mathématiques, à la modélisation et aux différentes approches de calcul des moyennes : On estime généralement que les populations de vertébrés ont diminué en moyenne de plus de 50 % depuis 1970, sur la base des données historiques de surveillance de la faune sauvage. "Toutefois, compte tenu des méthodes mathématiques utilisées précédemment pour modéliser les populations de vertébrés, cette estimation pourrait résulter de deux scénarios très différents : des déclins systématiques généralisés ou quelques déclins extrêmes", explique Brian Leung, écologiste à McGill, titulaire de la chaire UNESCO du dialogue pour la durabilité et auteur principal de l'étude. Dans cet article, les chercheurs ont abordé la question différemment. En utilisant un ensemble de données de plus de 14 000 populations de vertébrés du monde entier rassemblées dans la base de données Living Planet, les chercheurs ont identifié environ 1% des populations de vertébrés qui ont subi des déclins extrêmes depuis 1970 (comme les reptiles dans les zones tropicales d'Amérique du Nord, centrale et du Sud, et les oiseaux dans la région indo-pacifique). En tenant compte de ce 1% extrême, les chercheurs ont constaté que les populations de vertébrés restantes ne montraient aucun signe général d’augmentation ou de diminution lorsqu'elles étaient regroupées. "La variation de cet agrégat mondial est également importante. Certaines populations sont vraiment en difficulté et des régions comme l'Indo-Pacifique affichent des déclins systématiques généralisés. Toutefois, l'image d'un "désert de biodiversité" mondial n'est pas étayée par des preuves", déclare M. Leung. "C'est une bonne chose, car il serait très décourageant que tous nos efforts de conservation au cours des cinq dernières décennies n'aient que peu d'effet". "Nous avons été surpris par la force de l'effet de ces populations extrêmes dans l'estimation précédente du déclin mondial moyen", ajoute le co-auteur Anna Hargreaves, professeur dans le département de biologie de McGill. "Nos résultats permettent d'identifier les régions qui ont besoin d'une action urgente pour remédier à un déclin généralisé de la biodiversité, mais ils donnent également des raisons d'espérer que nos actions peuvent faire la différence". Cliquez ici pour plus d'informations.

Source de financement: Mcgill


Anna Hargreaves, Brian Leung

2020-11-19


Conservation de la connectivité en eau douce dans le bassin versant de la Yamaska au Québec



Alex Arkilanian, étudiant en master au laboratoire de Andrew Gonzalez, écrit sa thèse sur la connectivité aquatique. Avec le soutien du MELCC, du MFFP et du MTQ, Alex réalise une évaluation de la connectivité du meunier noir (Catostomus commmersoni) dans bassin versant de la rivière Yamaska. En utilisant une modification de la mesure de la connectivité du réseau, Alex utilise les besoins en matière d'habitat de cette espèce représentative généraliste afin de comprendre sa connectivité fonctionnelle sur de multiples étapes de sa vie, compte tenu des barrières naturelles et anthropiques existantes telles que les barrages, les ponceaux et les chutes d'eau. L'objectif principal de cette évaluation est de déterminer les sites importants pour la conservation de cette espèce en tenant compte à la fois de la connectivité et de la qualité des habitats importants pour les adultes et le frai. Cette évaluation permettra également d'établir un ordre de priorité des barrières anthropiques dans la région qui affectent le plus gravement la connectivité du meunier noir. Cette évaluation jettera les bases d'une évaluation élargie de la connectivité pour la plus grande région des basses terres du Saint-Laurent et pour un portefeuille élargi d'espèces de poissons importantes. La connectivité aquatique a été sous-estimée dans la conservation des eaux douces et cette collaboration avec les ministères provinciaux représente un pas important dans la direction d'une prise en compte plus directe de la connectivité des rivières dans la conservation des poissons d'eau douce.

Source de financement: MELCC, MFFP et MTQ


Alexandre Arkilanian

2020-10-20


L'application de méthodes biologiques classiques pour la gestion des espèces exotiques envahissantes causant des impacts environnementaux



Ce rapport technique vise à soutenir la compréhension et l'utilisation des méthodes biologiques classiques pour la gestion des espèces exotiques envahissantes qui menacent la biodiversité et les services écosystémiques, ou qui dégradent ou transforment déjà les écosystèmes et les milieux naturels indigènes. Le rapport présente un examen détaillé de l'historique de la réussite, de l'échec et de la rentabilité des programmes de lutte biologique classique contre les différents groupes taxonomiques d'espèces exotiques envahissantes dans les secteurs agricole et environnemental, montrant que la probabilité de réussite est tout à fait spécifique à la cible, mais que les avantages ne sont pas toujours spécifiques au secteur. Il peut y avoir des avantages conjoints pour les écosystèmes naturels et agricoles. La nécessité d'aborder la question de l'acceptation éthique et sociétale de l'introduction d'une autre espèce exotique "bénéfique" pour contrôler une espèce exotique envahissante existante est également étudiée afin de montrer comment la lutte biologique classique a obtenu l'acceptation du public dans certains contextes et régions, mais que des processus doivent être mis en place pour aborder ces questions plus largement dans le monde. Un cadre éthique est proposé. Deux sections couvrent les mécanismes et accords réglementaires nationaux et internationaux existants qui soutiennent l'application de la lutte biologique au niveau national et régional, tout en identifiant les lacunes réglementaires. Le rapport fournit également un examen complet des impacts directs et indirects non ciblés des programmes de lutte biologique existants et des facteurs de risque (tant perçus que réels) qui y contribuent. Après une brève discussion sur les perspectives d'avenir de la lutte biologique classique contre les espèces exotiques envahissantes qui menacent ou transforment de manière nuisible les biens environnementaux, le rapport conclut par un aperçu de ce que les pays et les juridictions, qui n'entreprennent pas actuellement ou activement la lutte biologique classique, doivent prendre en considération pour commencer à adopter une telle approche et à utiliser la lutte biologique classique à l'avenir, s'ils souhaitent l'envisager. Ce rapport contient également, de manière impartiale, les informations et les conclusions basées sur les soumissions des Parties et des autres gouvernements en réponse à la notification 2015-0525 de la Convention sur la diversité biologique. Cliquez ici pour plus d'informations.

Source de financement: CBD


Jacques Brodeur

2020-03-17


Nouvelle étude orchestrée par l’UQAC sur la biodiversité des fonds marins au Canada


Photo credits - M. Cusson et S. Moròn
Le professeur en écologie marine de l’UQAC, le Dr Mathieu Cusson, avec ses collègues provenant de 13 institutions canadiennes, vient de publier la plus vaste étude à ce jour sur la biodiversité des fonds marins du Canada. L’étude intitulée « Seafloor biodiversity of Canada's three oceans : Patterns, hotspots and potential drivers » a été publiée très récemment dans la revue Diversity and Distributions, un journal de premier plan dans le domaine. L'étude a évalué la biodiversité marine benthique des trois océans du Canada, du Pacifique à l'Atlantique en passant par l'Arctique. Le Dr Mathieu Cusson a orchestré les travaux de cette étude qui ont été amorcés dès 2013. Son postdoctorant et premier auteur de l’étude, le Dr Chih-Lin Wei, aujourd’hui professeur d'océanographie à l’Université Nationale de Taiwan, indique : « Il a fallu déployer d'énormes efforts pour compiler et analyser les données de plus de 13 000 échantillons, couvrant plus de 6 000 sites dans les trois océans du Canada. Nous sommes heureux de pouvoir réaliser ce projet. Il a été difficile de trouver, de formater, de valider et de normaliser les données sur la diversité ». Le Dr Wei ajoute que l’étape la plus cruciale a été de garantir aux fournisseurs de données que leurs données étaient entre de bonnes mains. « À l'aide d'informations sur le terrain compilées sur plusieurs années par plusieurs laboratoires, cette équipe a utilisé les données de près de 3400 espèces et taxons pour identifier les points chauds de la biodiversité dans les écosystèmes marins canadiens », a déclaré le Dr Ricardo Scrosati, coauteur de l'Université St. Francis Xavier. L'équipe a utilisé une méthode statistique de pointe en évaluation de la biodiversité. Cette méthode, développée par une statisticienne taïwanaise de renom, la Dre Anne Chao, pour estimer la biodiversité à partir de divers engins d'échantillonnage, puis a utilisé des informations environnementales pour explorer les causes les plus probables des patrons de la biodiversité observée. « Avec près de 60% de taxons de plus que les études précédentes, notre étude montre des points chauds inédits de la biodiversité, entre autres dans l'Arctique canadien, montrant que la vision dominante de la diminution de la diversité avec la latitude n’est pas toujours valide » explique le Dr Mathieu Cusson, leader du projet. Le Dr Scrosati dit que dans l'ensemble, nos résultats fournissent des informations précieuses qui devraient améliorer, entre autres objectifs, la conception d'aires marines protégées pour préserver notre riche et fascinante biodiversité benthique marine. "Nous sommes heureux de voir l'étude publiée dans cette revue, car elle a un facteur d'impact très élevé, ce qui suggère que l'étude sera largement vue dans la communauté scientifique du monde entier. Ainsi, d'une part, nous espérons attirer des collègues talentueux et les étudiants à poursuivre leurs études sur la biologie marine et, d'autre part, nous espérons voir nos approches appliquées à d'autres parties du monde vers une synthèse mondiale que la science est toujours à la recherche ", a déclaré le Dr Scrosati. Pourquoi étudier la biodiversité d’habitats qu’on ne voit pas ? Le Dr Mathieu Cusson souligne que la connaissance de la biodiversité des fonds marins aide à comprendre le fonctionnement des écosystèmes. Aussi, si dans un avenir proche les écosystèmes sont appelés à être modifiés dans leur biodiversité, ces études aiguillonneront les chercheurs sur les conséquences pour leur fonctionnement et, ultimement, pour les services écosystémiques qu’ils nous fournissent. Cliquez ici pour plus d'informations.

2020-03-05


Que peut nous apprendre le microbiome intestinal sur la santé des ours polaires ?


Photo credits - CHRIS COLLINS/HERITAGE EXPEDITIONS
Les ours polaires sont très vulnérables en raison de la fonte de la glace de mer, induite par le changement climatique, car elle réduit leur accès à leur principale source de proie, les phoques annelés, qui doivent se déplacer sur la glace. Par conséquent, certains ours ont modifié leur comportement de recherche de nourriture en utilisant davantage les ressources alimentaires terrestres, comme les carcasses de baleines boréales, les oiseaux de rivage et les œufs d'oiseaux de rivage. Les changements de régime alimentaire peuvent avoir des répercussions importantes sur la santé d'une espèce et des individus, notamment en modifiant leur microbiome de l'intestin, qui est un assemblage de micro-organismes (principalement des bactéries) connus pour mener à bien de nombreux processus métaboliques et immunitaires importants pour leur organisme hôte. À ce jour, le microbiome intestinal est relativement peu étudié pour de nombreuses populations et espèces sauvages. Notre travail vise à décrire et à comparer de façon préliminaire la composition et la diversité des communautés microbiennes intestinales des ours polaires du sud de la mer de Beaufort et de l'est du Groenland, et à approfondir ces connaissances en évaluant comment les différences dans les régimes alimentaires respectifs de ces sous-populations géographiquement disparates pourraient alternativement façonner leur microbiote intestinal. Megan Franz est une étudiante en maîtrise de l'Université McGill qui travaille sur ce projet pour sa thèse. Elle est supervisée par le Dr Melissa McKinney, professeure adjointe au département des sciences des ressources naturelles de l'Université McGill et titulaire d'une chaire de recherche du Canada sur les changements écologiques et les facteurs de stress environnementaux. Mégan est co-supervisée par le Dr Lyle Whyte, professeur au département des sciences des ressources naturelles de l'Université McGill et titulaire d'une chaire de recherche du Canada en microbiologie polaire. Le projet implique également une collaboration avec Kristin Laidre de l'Université de Washington et Todd Atwood de l'USGS Alaska Science Center.

2020-03-02