Les connaissances écologiques actuelles sur les écosystèmes sont bien minces, particulièrement dans les écosystèmes nordiques, et ce manque de connaissances limite l’anticipation des conséquences des changements globaux. C’est pour remédier à ce problème criant que l’Observatoire des écosystèmes du Québec est mis sur pied. Concrètement, cet observatoire va permettre de valoriser les données écologiques déjà disponibles, en s'appuyant sur des initiatives déjà existantes telles que Canadensys, et d’harmoniser la collecte de celles à venir. L’Observatoire compte mettre en place une structure informatique ouverte composée d’une suite d’outils intégrés permettant la synthèse et la communication de l’état de nos écosystèmes québécois. Cette suite permettra, par exemple, une compilation des données en temps réel pour la production automatisée d’un atlas de la biodiversité du Québec ou encore l’automatisation des avant-projets d’évaluation d’impacts environnementaux. L’Observatoire a également comme mandat de contribuer à la formation et aux développements de nouvelles expertises en science de la biodiversité. L’Observatoire des écosystèmes du Québec fédère actuellement des acteurs de divers milieux (académique, gouvernemental, industriel, non gouvernemental) et peut compter sur l’implication de 4 regroupements stratégiques du FRQNT (CSBQ, CEN, Québec-Océan, GRIL) pour atteindre ses objectifs.