Marie-Lee Castonguay

INRS
Candidat Ph.D.
superviseur(e): Valerie Langlois
Louis Bernatchez, Université Laval
Début: 2021-09-06
Fin: 2025-05-31

Projet

L'écologie de l'ADN environnemental (eDNA) et de l'ARN environnemental (eRNA) pour le suivi de la faune dans un climat changeant
Un objectif fondamental de la conservation et de la gestion de la faune aquatique est d’effectuer une surveillance efficace de la biodiversité afin d’obtenir une connaissance précise de la distribution et de l’abondance des espèces. L’analyse de l’ADN environnemental (ADNe), c’est-à-dire le matériel génétique rejeté par les organismes dans leur environnement, permet de détecter indirectement la présence d’une espèce et d’estimer son abondance relative dans un milieu, et ce, à partir de n’importe quel échantillon environnemental. Par exemple, grâce à un simple échantillon d’eau prélevé d’un lac, il est possible de détecter la présence d’espèces animales à risque, invasives, nuisibles et importantes sur le plan culturel et économique. Il s’agit alors d’une méthode très prometteuse fournissant un grand nombre de données précises et non-destructives pour l’espèce étudiée et son environnement. Une autre innovation qui sera exploitée au cours du projet est l’utilisation de l’ARN environnemental (ARNe) comme moyen potentiel d’évaluer la viabilité de l’organisme cible et sa présence récente. En effet, la dégradation rapide de l’ARN comparativement à l’ADN constitue un avantage dans la mesure où sa détection peut être attribuée à la présence d’un organisme en vie et dont le passage à l’endroit échantillonné est récent. L’avenir de la biosurveillance utilisant l’ADNe et l’ARNe doit toutefois surmonter les limites actuelles de la méthode afin d’atteindre son plein potentiel. Par exemple, la compréhension des facteurs pouvant affecter la détection de ces deux molécules représente un défi dans l’utilisation des outils d’analyse d’ADNe et d’ARNe et peut grandement influencer l’interprétation des données recueillies sur le terrain. En comparaison avec le nombre croissant d’études montrant l’efficacité de l’analyse de l’ADNe pour la biosurveillance, relativement peu se concentrent sur l’écologie de l’ADNe ainsi que sur l’ARNe. Le projet a pour objectif d’étudier l’écologie de l’ADNe, mais également de l’ARNe en conditions changeantes. En d’autres termes, différents facteurs biotiques ou abiotiques seront étudiés en laboratoire afin de comprendre l’impact qu’ils ont sur la production et la dégradation de l’ADNe et de l’ARNe chez des espèces d'intérêt. Ainsi, une meilleure compréhension de l’écologie de l’ADNe et de l’ARNe pourra aider à une meilleure applicabilité et interprétation des résultats lors de l’analyse d’échantillons prélevés sur le terrain.

Mots-clés

ADN environnemental, ARN environnemental, Environnement, Faune, Biologie moléculaire, Espèces d'intérêt, Espèces aquatiques, Outils moléculaires, qPCR, Écologie de l'ADN et de l'ARN environnemental