Asma Jaba

INRS-Institut Armand-Frappier
M.Sc. candidate

Supervisor: Philippe Constant
Claude Guertin
Start: 2016-09-04
End: 2018-05-31

Project

Analyse de la fine structure de « l’interactome » des communautés microbiennes associées aux aliments pour améliorer la sécurité et la qualité alimentaire
Ces dernières années, une augmentation d’incidence de la contamination de graines de chia par des entérobactéries a été rapportée. Cependant, ni l’origine ni les facteurs déterminant le succès de colonisation et prolifération des entérobactéries sont connus. Notre équipe ayant fait la démonstréation de l’existence d’un microbiome associé au chia, nous tentons maintenant de mettre en relation la distribution des espèces et les caractéristiques du milieu. en conséquence un modèle théorique incluant des co-variations entre des différentes espèces abritant cette niche écologique a été établi. Nous proposons un modèle mathématique qui pourrait expliquer ces où la co-variations des bactéries axé sur des différents est sous le contrôle de variables biotiques reliées à la taxonomie, , l’abondance relative de chaque espèce et et leurs traits écologiques de chaque espèces ainsi que sur des variables abiotiques reliées à la nature de la graine le pH, la contenu en nutriment et l’activité de l’eau du chia. Ce modèle nous permettra d’évaluer la contribution relative de chacun de ces facteurs biotiques et abiotique dans l’assemblage des la communautés microbiennes et de donc de bien définir en conséquence le facteurcelui qui exerce la plus forte pression sur lale plus déterminant de ces co-variation des espèces. Pour testerLa validation de cette hypothèsece modèle a impliqué la réalisation de , je devrai répondre à des quatre principaux objectifs. Premièrement, la structure des communautés microbiennes et la co-variation des espèces ont été caractérisées par séquençage à haut débit de marqueurs taxonomiques dans vingt-sept échantillons de chia indépendant provenant de différentes sources internationales. Deuxièmement, une collection d’isolats bactériens et fongiques représentative des profils moléculaires Tout d’abord, en analysant un nombre plus élevé d’échantillons de chia, je pourrai reconstruire un modèle théorique de co-variations plus significatif. En second lieu, je tenterai d’isoler le maximum de bactéries et champignons détectés dans les profils moléculairesa été obtenue en utilisant une combinaison de milieux de cultures. En troisième lieu, la caractérisation en termes de traits écologiques des espèces isolées sélectionnées a été effectuéenous permettra de générer une certaine divergence entre ces derniers. Finalement, nous espérons de valider notreles données de co-variation des espèces isolées observées dans les profils moléculaires, leur abondance relative ainsi que leur divergence taxonomique et écologique ont été utilisées pour tester le modèle mathématique proposé pour expliquer les co-variations en question. L’assemblage des communautés n’étant pas aléatoire, nNotre étude permettra servira à l’élaboreationr de nouveaux ’outils de diagnostic précoce minimisant les risques de contamination microbiologique des aliments par des agents pathogènes.