Isabelle Gurney
Projet
Métagénomiques Environnementales pour la Surveillance de la Resistance Antimicrobienne dans les HôpitauxL’Organisation mondiale de la Santé identifie la résistance aux antimicrobiens (RAM) comme étant l’une des dix plus grandes menaces pour la santé publique mondiale. L’évolution rapide de mécanismes de résistance face à l’arsenal antibiotique compromet la capacité des médecins à traiter des infections courantes. Parmi les outils disponibles pour contrer ce phénomène figure l’antibiogramme, un guide sur les sensibilités des microbes aux antibiotiques employés. Toutefois, les antibiogrammes actuels reposent sur des données cliniques mises à jour annuellement. Ce délai est trop long pour suivre la dynamique de la RAM. De plus, comme chaque unité hospitalière prescrit différemment, la pression sélective varie d’une unité à l’autre, alors que les antibiogrammes sont construits en regroupant l’ensemble des données d’un hôpital. Ils manquent donc de résolution temporelle et spatiale pour combattre la RAM de façon effective. Ce projet vise à améliorer les méthodes d’analyse de la génomique environnementale afin de détecter et comprendre les dynamiques des gènes et organismes résistants dans l’environnement humain. Des échantillons de plancher seront collectés mensuellement pendant 15 mois dans trois chambres de 17 unités hospitalières. Le séquençage métagénomique de ces échantillons permettra de suivre l’évolution de gènes d’intérêt en fonction des contextes sélectifs et de la structuration de la métapopulation hospitalière. Nous prévoyons une corrélation forte entre la présence de gènes de RAM dans l’environnement et les cas cliniques observés dans les mêmes unités. À partir de ces données, nous espérons rapidement construire, à une échelle mensuelle, des antibiogrammes environnementaux propres à chaque unité de soins. Ces ressources viendront compléter les suivis cliniques existants et fournir aux médecins des informations actualisées pour prescrire des traitements plus efficaces, réduisant ainsi l’usage d’antibiotiques inefficaces qui favorisent la propagation des résistances. Enfin, ce projet permettra d’évaluer le lien entre les prescriptions d’antibiotiques et l’abondance des gènes de RAM à une échelle spatiale fine, et d’optimiser les approches d’échantillonnage et d’analyse métagénomique en milieu hospitalier. La méthodologie développée pourra ensuite être étendue à d’autres environnements de soins ou contextes humains pour surveiller la RAM ou d’autres cibles d’intérêt. L’adoption de telles approches sera essentielle pour suivre le rythme d’un monde naturel en rapide évolution.
