Université Laval
Candidat Ph.D.
superviseur(e): Edel Pérez-López
Début: 2022-01-10
Fin: 2026-02-12
Page personnelle

Projet

Caractérisation de la diversité génétique de Plasmodiophora brassicae
Plasmodiophora brassicae est un agent pathogène catastrophique responsable de la maladie de la hernie des crucifères. Il entraîne des pertes économiques annuelles de plusieurs milliards de dollars dans le monde. Au Canada, le canola est l'hôte économiquement le plus important de cette maladie. Il est cultivé sur plus de 20 millions d'acres et génère plus de 29,9 milliards de dollars pour l'économie canadienne. La survie de l’agent pathogène dans le sol jusqu’à 20 ans rend la gestion de la maladie de la hernie difficile pour les producteurs. Le cultivar de canola résistant à la hernie (CR) constitue la meilleure solution de lutte contre cette maladie. Cependant, les cultivars de canola CR développés deviennent rapidement sensibles aux souches virulentes de P. brassicae, en raison de la grande diversité présente dans les champs. L'adaptation rapide de l’agent pathogène et son effet sur les cultivars de canola CR ne sont pas encore bien connus à ce jour. Par conséquent, ce projet vise à élucider l’impact de la diversité génétique de l’agent pathogène de la hernie et de son adaptabilité rapide grâce à la génomique en relation avec les cultivars de canola CR offert commercialement. Malheureusement, les informations génomiques disponibles pour révéler les impacts de la hernie en utilisant des analyses de population et des analyses génomiques comparatives sont insuffisantes. Par rapport à d’autres pathosystèmes, nous avons près d’une décennie de retard dans le domaine de la génomique. Pour relever tous ces défis, nous développerons pour la première fois un génome de haute qualité résolu de télomère à télomère de l’agent pathogène, ce qui constitue une étape fondamentale pour l'étude de la génomique. De plus, en utilisant l'approche de la génomique des populations et la virulence de plus de 100 isolats de spores uniques dans 12 pays, nous découvrirons les variations génomiques codant pour les gènes de virulence qui sont associés à la rupture de la résistance dans les cultivars de canola. En conclusion, ce projet constituera une ressource précieuse pour les sélectionneurs de canola et les phytopathologistes et aidera la communauté des agriculteurs à limiter la propagation de la maladie de la hernie des crucifères dans le monde.

Publications

1- Telomere-to-telomere Genome Assembly of the Clubroot Pathogen Plasmodiophora Brassicae
Javed, Muhammad Asim, Soham Mukhopadhyay, Eric Normandeau, Anne-Sophie Brochu, Edel Pérez-López,
2024 Genome Biology and Evolution

2- A Basic Guide to the Propagation and Manipulation of the Clubroot Pathogen, Plasmodiophora brassicae
Salih, Rasha, Muhammad Asim Javed, Anne‐Sophie Brochu, Priyavashini Prakash, Jean‐Dominic Côté, Edel Pérez‐López
2024 Current Protocols

3- Chitinase of Trichoderma longibrachiatum for control of Aphis gossypii in cotton plants
Anwar, Waheed, Huma Amin, Hafiz Azhar Ali Khan, Adnan Akhter, Uzma Bashir, Tehmina Anjum, Rabia Kalsoom, Muhammad Asim Javed, Karamat Ali Zohaib
2023 Scientific Reports

4- The clubroot pathogen Plasmodiophora brassicae: A profile update
Javed, Muhammad Asim, Arne Schwelm, Nazanin Zamani‐Noor, Rasha Salih, Marina Silvestre Vañó, Jiaxu Wu, Melaine González García, Thies Marten Heick, Chaoyu Luo, Priyavashini Prakash, Edel Pérez‐López
2022 Molecular Plant Pathology

5- Characterization of fungal flora associated with sternorrhyncha insects of cotton plants
Anwar, Waheed, Kiran Nawaz, Muhammad Asim Javed, Adnan Akhter, Ahmad Ali Shahid, Muhammad Saleem Haider, Muhammad Zia Ur Rehman, Sajid Ali
2020 Biologia

6- Chitinase genes from Metarhizium anisopliae for the control of whitefly in cotton
Anwar, Waheed, Muhammad Asim Javed, Ahmad Ali Shahid, Kiran Nawaz, Adnan Akhter, Muhammad Zia Ur Rehman, Usman Hameed, Sehrish Iftikhar, Muhammad Saleem Haider
2019 Royal Society Open Science

7- Entomopathogenic fungus Clonostachys rosea as a biocontrol agent against whitefly (Bemisia tabaci)
Anwar, Waheed, Sajid Ali, Kiran Nawaz, Sehrish Iftikhar, Muhammad Asim Javed, Abeer Hashem, Abdulaziz A. Alqarawi, Elsayed Fathi Abd_Allah, Adnan Akhter
2018 Biocontrol Science and Technology