Jocelyn Lauzon

Université du Québec à Montréal
Candidat M.Sc.

superviseur(e): Steven Kembel
Jean-Baptiste Leducq, Université Laval
Début: 2023-01-26
Fin: 2024-12-20

Projet

Populations de Methylobacterium dans la phyllosphère : bases génétiques des adaptations aux espèces d’arbres hôtes de la forêt tempérée nordique
La phyllosphère – la partie aérienne des plantes, dont les feuilles – abrite des communautés bactériennes jouant d’importants rôles écologiques au sein des écosystèmes forestiers. Methylobacterium est un genre bactérien ubiquiste de la phyllosphère, reconnu pour stimuler la croissance végétale et protéger son hôte contre les pathogènes. La phylogénie et l’écologie du genre sont bien documentées. Or, les mécanismes génétiques sous-jacents aux adaptations des populations de Methylobacterium aux différentes niches de la phyllosphère – notamment les gènes responsables de leurs adaptations différentielles aux espèces végétales hôtes – sont encore peu connus. Pour lier les gènes à l’écologie, mon projet étudie le contenu génomique des populations naturelles de Methylobacterium habitant la surface foliaire de cinq espèces d’arbres et d’arbustes caractéristiques du nord de la forêt tempérée décidue (Abies balsamea, Acer saccharum, Corylus cornuta, Fagus grandifolia et Thuja occidentalis) en juxtaposant l’ensemble de leurs gènes aux génomes des différentes espèces composant le pangénome du genre – une approche nommée métapangénomique. Mes objectifs sont (1) de révéler les gènes et les fonctions du pangénome accessoire qui sont associés à des espèces hôtes particulières, puis (2) d’analyser le signal phylogénétique structurant ces associations gènes-hôtes au sein de la phyllosphère de ces cinq espèces d’arbres et d’arbustes hôtes formant une part importante de la canopée du paysage forestier tempéré nordique.

Mots-clés

Microbiome, Phyllosphère, Methylobacterium, Ecologie forestière, Biodiversité, écologie microbienne, bactéries, Génomique