Marie-Eve Monchamp

McGill University
Candidat Postdoctoral fellow

superviseur(e): Irene Gregory-Eaves
Melania Cristescu
Début: 2019-09-16
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Projet

Analyse métagénomique de la diversité des métazoaires dans les lacs du Canada
Les changements climatiques menacent la biodiversité et facilitent l’établissement d’espèces exotiques à potentiel envahissant dans les écosystèmes aquatiques. L’ADN environnemental (ADNe) est de plus en plus utilisé pour étudier les changements de biodiversité en environnement aquatique. La métagénomique environnementale (aussi connu sous le nom de séquençage de type “shotgun”) est une approche émergeante et prometteuse qui permet d’étudier la diversité taxonomique et génétique de tous les organismes présents dans un écosystème. Les principaux objectifs de mon projet sont de 1- déterminer l’efficacité des analyses métagénomiques d’eau de lac à détecter les espèces animales (métazoaires) aquatiques et de 2- comparer les données d’analyses métagénomiques avec les données produites par séquençage d’amplicons (métabarcoding) et par indentification microscopique. Dans un premier temps, je validerai l’approche métagénomique avec les communautés de zooplankton et dans un deuxième temps, je continuerai l’étude en incluant d’autres groupes d’espèces (ex. poissons et mollusques).

Mots-clés

Environmental DNA, biodiversity, environmental metagenomics, paleogenetics, climate change

Publications

1- High dispersal levels and lake warming are emergent drivers of cyanobacterial community assembly in peri-Alpine lakes
Monchamp, Marie-Eve, Piet Spaak, Francesco Pomati
2019 Scientific Reports

2- Using DNA from formaldehyde-preserved Daphnia to reconstruct past populations
Turko, Patrick, Justyna Wolinska, Christoph Tellenbach, Marcin Krzysztof Dziuba, Marie-Eve Monchamp, Piet Spaak
2019 Hydrobiologia

3- Long Term Diversity and Distribution of Non-photosynthetic Cyanobacteria in Peri-Alpine Lakes
Monchamp, Marie-Eve, Piet Spaak, Francesco Pomati
2019 Frontiers in Microbiology

4- Homogenization of lake cyanobacterial communities over a century of climate change and eutrophication
Monchamp, Marie-Eve, Piet Spaak, Isabelle Domaizon, Nathalie Dubois, Damien Bouffard, Francesco Pomati
2017 Nature Ecology & Evolution

5- Sedimentary and egg-bank DNA from 3 European lakes reveal concurrent changes in the composition and diversity of cyanobacterial and Daphnia communities
Monchamp, Marie-Eve, Ioana Enache, Patrick Turko, Francesco Pomati, Geta Rîşnoveanu, Piet Spaak
2017 Hydrobiologia

6- Nitrogen Forms Influence Microcystin Concentration and Composition via Changes in Cyanobacterial Community Structure
Marie-Eve Monchamp, Frances R. Pick, Beatrix E. Beisner, Roxane Maranger
2014 PLoS ONE

7- Sedimentary DNA Reveals Cyanobacterial Community Diversity over 200 Years in Two Perialpine Lakes
Monchamp, Marie-Eve, Jean-Claude Walser, Francesco Pomati, Piet Spaak,
2016 Applied and Environmental Microbiology