Rim Ben Haj Sassi

Université de Montréal
M.Sc. candidate

Supervisor: Marc St-Arnaud
Start: 2008-09-01
End: 2013-01-01

Project

Influence des champignons mycorhiziens à arbuscules sur la communauté bactérienne de la mycorhizosphère et leur rôle dans la bioprotection de la fusariose de l’asperge
Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) colonisent les racines de 80% des espèces de plantes. Cette association plante – champignon apporte plusieurs avantages à la plante, incluant une bioprotection contre des champignons pathogènes. Les mécanismes sont encore mal compris, mais des évidences expérimentales suggèrent que la sélection d’une communauté microbienne spécifique associée à la mycorhizophère joue un rôle significatif dans ce phénomène. L’objectif de cette étude est d’étudier l’influence de la colonisation mycorhizienne et en particulier du réseau mycélien extraracinaire sur la communauté bactérienne de la mycorhizosphère et sur le développement de la fusariose. Dans une première étape, nous avons analysé l’inoculation individuelle de quatre espèces de Glomus et de trois isolats du G. irregulare (maintenant appelé Rhizophagus irregularis), ainsi que l’inoculation simultanée de deux espèces et de deux isolats de G. irregulare sur la croissance d’Asparagus officinalis. Cela a montré une variabilité intra- et inter-spécifique dans la réponse de la plante aux CMA. Dans une deuxième étape, des amorces ciblant des gènes mitochondriaux ont été conçues et testées pour leur spécificité envers les CMA. Une amorce spécifique à l’ensemble des espèces de Glomus, ainsi que deux amorces spécifiques à G. diaphanum ou à G. irregulare DOAM 234328 ont été développées et validées. Des sondes TaqMan pour PCR en temps réel (qPCR) ont ensuite été développées pour quantifier le développement des CMA dans le sol et dans les racines des plantes. Cet outil a permis d’estimer le développement intra- et extra-racinaire des CMA et d’analyser l’interaction entre isolats et espèces. Dans une troisième étape, nous comparerons l’effet de deux espèces de Glomus ayant montré des développements intra- et extra-racinaires divergents, en inoculation individuelle et combinée, sur l’incidence de l’infection par le Fusarium oxysporum f. sp. asparagi (FOA) et sur la communauté bactérienne de la mycorhizosphère des asperges. Le développement des CMA et du FOA sera quantifié par qPCR TaqMan alors que la structure de la communauté bactérienne sera analysée par pyroséquençage d’amplicons 16S. Les résultats permettront de quantifier l’effet de l’inoculation mycorhizienne sur la structure phylogénétique de la communauté bactérienne et sur le biocontrôle de la fusariose induit par le champignon MA.