Introduction à la géostatistique avec R

Guillaume Larocque (glaroc@gmail.com), 22 février 2017. Université du Québec à Rimouski

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Numériser un polygone définissant les limites de votre aire d'étude

Vous pouvez numériser le périmètre de votre aire d'étude à partir d'une couche Google Satellite en suivant les étapes suivantes:

  1. Ouvrez QGIS.
  2. Activez le 'OpenLayers Plugin' dans les Extensions.
  3. Ajoutez une couche 'Google Satellite' en utilisant l'extension OpenLayers (>Extensions>OpenLayers). Notez que le SCR du canevas est maintenant 'Google Mercator' (WGS 84 / Pseudo mercator). Déplacez cette couche en dessous du canevas en cliquant-glissant le nom de la couche vers le bas dans la table des couches à gauche. Si vous avez d'autres couches vecteur ou raster pouvant vous aider à définir les limites de la zone d'étude, ajoutez les au canevas an cliquant sur les icônes appropriés (ajouter couche vecteurs ou raster).
  4. Numérisez la zone définissant votre aire d'étude. Vous devez d'abord ajouter une nouvelle couche shapefile de type polygone sous Couche>Nouveau>Nouvelle couche shapefile. Spécifiez le système de référence approprié selon l'échelle de vos données et donnez à ce fichier shapefile un nom approprié. Il est toujours préférable de travailler avec un système de référence avec des unités en mètres comme UTM, MTM ou Lambert, et non pas en degrés comme latitude/longitude. Activez le mode édition (­>Couche­­­­>­Basculer en mode édition)­­­­­­­­­­ et numérisez le polygone en cliquant sur l'icône et spécifiez '1' comme identifiant (ID).

Convertissez le polygone en format raster

  1. Trouvez la fonction Rasterize sous Raster>Conversion. Spécifiez le fichier polygone que vous venez de créer à l'étape précédente comme fichier entrant, et spécifiez un nom de fichier avec une extension .tif comme fichier sortant. Choisissez 'Résolution exprimée en unité de la carte par pixel'. Vous devez ensuite spécifier la taille désirée de chaque pixel sur la carte en unités du système de référence du fichier polygone en entrée. Par exemple, si le fichier polygone est en coordonnées UTM, cette résolution est en mètre. Assurez-vous de choisir une résolution raisonnable vous permettant d'obtenir un fichier raster avec un nombre de pixels gérable (par.ex. quelques centaines de lignes et de colonnes, maximum 2000-3000). Par exemple, si votre aire d'étude fait environ 2km x 3km, vous pouvez spécifier 5 (mètres) comme résolution de façon à avoir un fichier raster d'environ 400 pixels x 600 pixels.
  2. Maintenant, ce fichier tif est enregistré sur votre ordinateur. Dans votre aire d'étude, tous les pixels ont une valeur de 1, alors que les pixels à l'extérieur ont une valeur de 0.

Importer le masque dans R

  1. Vous pouvez maintenant importer le masque dans R:
mask<-readGDAL(file.choose())

et choisissez le fichier raster en format tif.

ensuite, vous pouvez faire

mask@data[mask@data==0]=NA

pour changer tous les zéros en valeurs NA (nulles).

Votre masque est maintenant prêt à être utilisé!