#Scaling 1
windows()
plot(spe.h.pca)
windows()
biplot(spe.h.pca)
windows()
# scaling 1 = distance biplot : 
# distances entre les objets est une approximation de leur distance euclidienne
# les angles entre les descripteurs ne réflètent PAS leur corrélation
plot(spe.h.pca, scaling=1, type="none", 
     xlab<-c("PC1 (%)", round((spe.h.pca$CA$eig[1]/sum(spe.h.pca$CA$eig))*100,2)), 
     ylab<-c("PC2 (%)", round((spe.h.pca$CA$eig[2]/sum(spe.h.pca$CA$eig))*100,2)))
points(scores(spe.h.pca, display="sites", choices=c(1,2), scaling=1),
       pch=21, col="black", bg="steelblue", cex=1.2)
text(scores(spe.h.pca, display="species", choices=c(1), scaling=1),
     scores(spe.h.pca, display="species", choices=c(2), scaling=1),
     labels=rownames(scores(spe.h.pca, display="species", scaling=1)),
     col="red", cex=0.8)