Professionnel de recherche: Sébastien Renaut, PhD

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Mes connaissances se situent à l’intersection de l’évolution moléculaire, de l’écologie et de la génomique des populations. J’utilise le séquençage à haut débit (Illumina, PacBio, 454) et la bioinformatique (principalement R, Unix et logiciels libres) comme outils afin de quantifier les processus fondamentaux responsables du maintien de la diversité biologique. Pour plus d’information.

Mon parcours académique a commencé à l’université McGill (B.Sc. et M.Sc.) et s’est poursuivi à l’université Laval (PhD), où j’ai soutenu une thèse de doctorat portant sur la génétique de la spéciation et l’évolution du transcriptome chez le grand corégone. Finalement, mon stage postdoctoral à Université de la Colombie Britannique à Vancouver m’a permis de travailler sur plusieurs projets en génomique et transcriptomique évolutive, cette fois ci principalement chez les tournesols.

Je suis disponible pour travailler avec les chercheurs du CSBQ. Mes intérêts sont multiples et au besoin, je serai heureux de pouvoir collaborer afin de:

  • Déterminer quel type de séquençage (e.g. HiSeq, MiSeq, RNAseq, GBS) et plan expérimental conviendrait le mieux pour votre projet.
  • Déterminer quel type d’analyses conviendrait le mieux, une fois le séquençage terminé (e.g. assemblage de séquences, alignements, détection de SNPs, génétique de population, détection de la sélection au niveau moléculaire).
  • Aider les membres à utiliser le logiciel R, pour soit faire du traitement de données bioinformatique, statistique ou créer des graphiques.
  • Aider les membres à utiliser différents outils bioinformatiques et le langage Unix. Au besoin, je peux donner une formation d’introduction au langage Unix et aux outils de base en bioinformatique.
  • Réviser des manuscrits en génomique/écologie moléculaire/évolution (en tant qu’éditeur d’une revue scientifique, j’ai une bonne connaissance des exigences requises).

Contactez moi par courriel, ou venez me voir au Jardin Botanique de Montréal (4101 Sherbrooke Est, H1X 2B2, B-130).

Quelques publications représentatives récentes (liste complète disponible ici ):

  • Anna Bailie, Sébastien Renaut, Eliane Ubalijoro, José A. Guerrero-Analco, Ammar Saleem, Pierre Haddad, John T. Arnason, Timothy Johns and Alain Cuerrier. 2016. Phytogeographic and genetic variation in Sorbus, a traditional antidiabetic medicine – adaptation in action in both a plant and a discipline. PeerJ. e2645 [PDF]
 
  • Renaut S, Rieseberg LH. 2015. The accumulation of deleterious mutations as a consequence of domestication and improvement in sunflowers and other Compositae crops. Molecular Biology and Evolution 32: 2273-2283. [PDF,supmat1,supmat2 datadryad,github] [see coverage at www.molecularecologist.com here and here]
 
 
  • Renaut S, Owens GL, Rieseberg LH. 2014. Shared selective pressure and local genomic landscape lead to repeatable patterns of genomic divergence in sunflowers. Molecular Ecology 23: 311–324. [PDF] [supp] [dryad] [github]
 
  • Renaut S, Grassa CJ, Yeaman S, Moyers BT,Lai Z, Kane NC, Bowers JC, Burke JM, Rieseberg LH. 2013. The number and size of genomic islands of divergence do not vary with geography of speciation. Nature Communications 4: 1827 [PDF] [supp]
 
  • Vines TH, Andrew R, Bock D, Franklin M, Gilbert K, Kane NC, Kleynhans E, Moore JS, Moyers B, Renaut S, Rennison D, Veen T, Yeaman S. 2013. Mandated data archiving greatly improves access to research data. FASEB Journal 27: 1304-1308. [PDF] [dryad] [coverage at Scientific American]
 
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  • Gilbert KJ, Andrew RL, Bock DG, Franklin MT, Kane NC, Moore JS, Moyers BT, Renaut S, Rennison DJ, Veen T, Vines TH. 2012. Recommendations for utilizing and reporting population genetic analyses: the reproducibility of genetic clustering using the program structure. Molecular Ecology 21: 4925-2930. [PDF] [supp1supp2]